El inicio se da con el primer proyecto de investigación aplicada para evaluar el estado ecológico de fondos blandos expuestos a la salmonicultura usando el Índice AMBI y financiado por la entonces Comisión Nacional de Ciencia y Tecnología (CONICYT) y Gobierno Regional a través de los Centros Regionales.
Luego, se adjudicó el proyecto INNOVA CHILE CORFO para el desarrollo de una herramienta de gestión para procesos relacionados con el cultivo de salmónidos que incluyera la evaluación ambiental de los fondos blandos.
Posteriormente se logró la CONTINUIDAD del proyecto INNOVA CHILE CORFO para la aplicación del índice biótico AMBI en centros de cultivo de salmones en descanso y así evaluar la recuperación química y biológica considerando la normativa nacional.
Este mismo año fue adjudicado el proyecto FIC Región de Los Lagos para la evaluación del estado ecológico de fondos blandos influenciados por la industria mitilicultora.
Al año siguiente se obtuvo un nuevo proyecto financiado por FIC Región de Los Lagos para diseñar un modelo de gestión institucional para la implementación del índice biótico AMBI en la normativa acuícola.
Con financiamiento de SUBPESCA se elaboró un catastro de macrofauna bentónica chilena y de índices bióticos para ranquearlos y fundamentar el uso de AMBI en la evaluación de efectos de la acuicultura.
Más tarde con el financiamiento del Fondo de Investigación Pesquera y Acuícola (FIPA) se realizó el levantamiento de información de comunidades bentónicas de fondos blandos usando el índice AMBI (1ra etapa) para sectores influenciados por la salmonicultura y sectores sin influencia.
Se adjudicó el proyecto de investigación tecnológica FONDEF IT I90059 para validar un modelo de gestión público y privado donde se genera MACROBENT, plataforma que entregará información de macrofauna bentónica de estudios previos y de sectores influenciados por diversas actividades antropogénicas (minería, actividades portuarias, terminales pesqueros, entre otros).
Se transfiere de tecnología MACROBENT a SUBPESCA e Instituto de Fomento Pesquero (IFOP) y se capacita a los operadores del sistema para una puesta en marcha a nivel nacional.